​​​​Η ΑΗΚ εφαρμόζει το Λειτουργικό Διαχωρισμό των Δραστηριοτήτων της  σε συμμόρφωση με τη Ρυθμιστική Απόφαση από τη Ρυθμιστική Αρχή Ενέργειας Κύπρου (ΡΑΕΚ), η οποία εφαρμόζει τις αντίστοιχες πρόνοιες του Ευρωπαϊκού κεκτημένου.

Με το Λειτουργικό Διαχωρισμό διαχωρίζοντα λειτουργικά, εντός της ΑΗΚ, οι τέσσερις Βασικές Ρυθμιζόμενες Δραστηριότητες οι οποίες είναι οι Μονοπωλιακές Δραστηριότητες της Μεταφοράς και Διανομής και οι ανταγωνιστικές δραστηριότητες της Παραγωγής και της Προμήθειας.  Ο Λειτουργικός Διαχωρισμός διασφαλίζει ότι η ΑΗΚ δεν εκμεταλλεύεται τη δεσπόζουσα θέση της και ότι προσφέρονται ισότιμες ευκαιρίες ανταγωνισμού σε ιδιώτες παραγωγούς ή προμηθευτές.

Για την εφαρμογή του Λειτουργικού Διαχωρισμού η ΑΗΚ έχει δημιουργήσει ανεξάρτητες Διευθύνσεις για τις βασικές ρυθμιζόμενες δραστηριότητες με τρόπο που να διασφαλίζει αξιόπιστα την ανεξάρτητη λειτουργία τους.

Οι Κοινές Υπηρεσίες παραμένουν οργανωμένες υπό τη Γενική Διεύθυνση της ΑΗΚ διασφαλίζοντας έτσι ότι ο Λειτουργικός Διαχωρισμός δεν αυξάνει το κόστος λειτουργίας της ΑΗΚ (π.χ. Διεύθυνση Προσωπικού, Νομικές Υπηρεσίες, Δημόσιες Σχέσεις, Πληροφορική).   

Επίσης, έχει δημιουργηθεί Διεύθυνση Μη Ρυθμιζόμενων Δραστηριοτήτων που ασχολείται με επιπρόσθετες δραστηριότητες, όπως υπηρεσίες προς τρίτους, ανανεώσιμες πηγές ενέργειας, αφαλάτωση.

Ο Λειτουργικός Διαχωρισμός έχει ενισχύσει και τεκμηριώσει τη διαφανή και ανεξάρτητη λειτουργία των δραστηριοτήτων του οργανισμού εφαρμόζοντας έτσι τις απαιτήσεις της σχετικής Ευρωπαϊκής Οδηγίας με τρόπο που να είναι συμβατός με τις ιδιαιτερότητες του μικρού και απομονωμένου συστήματος της Κύπρου. 

Στο παρόν στάδιο ο Λειτουργικός Διαχωρισμός δεν επηρεάζει ουσιαστικά την σχέση ΑΗΚ και πελάτη, έχουν όμως διευκρινιστεί οι ορισμοί του «καταναλωτή» για την εμπορική σχέση πελάτη και ΑΗΚ/Προμήθεια και ο ορισμός του «χρήστη δικτύου» για την τεχνική πτυχή της διασύνδεσης με το Δίκτυο (Μεταφοράς ή Διανομής).  Ο ορισμός τους χρήστη δικτύου αφορά είτε καταναλωτές είτε παραγωγούς ηλεκτρικής ενέργειας.

Στο παρόν στάδιο όλοι οι καταναλωτές είναι πελάτες της ΑΗΚ.  Με τη Λειτουργία της Αγοράς Ηλεκτρισμού και τη Δραστηριοποίηση ανεξάρτητων προμηθευτών οι καταναλωτές θα δύναται να επιλέγουν τον προμηθευτή τους.